微波真空干燥机适用于微波烘干多类不同的物料，比如粮食、粉质产品以及实验样品等。但是由于不同物料的种类和条件差异很大，因此微波真空干燥作业曲线并不是恒定不变的，它需要物料内部接受热传导以达到快速干燥烘干的目的。

微波真空干燥设备的真空度易受到击穿电场强度的影响。这是因为气体分子在真空状态下特别容易被电场电离，这种现象若是发生在微波能量馈送耦合端口，那么则有可能会大量消耗微波真空干燥机的微波能量。

微波真空干燥机的作业效果还与微波真空的工作时间长短息息相关。比如选择微波真空干燥机烘干菠萝粉，由于菠萝粉的湿度含量较大，故而它初期干燥效果并不明显，这是因为菠萝粉中的水分子对大能量微波源吸收不足所造成的。