微波真空干燥机的干燥杀菌作业必须严格遵照操作程序执行。有些用户在使用微波真空干燥机时总觉得它的干燥效果不理想，造成这种现象的原因可能是由于用户在团聚原料未粉碎的情况下就着急进行干燥，从而导致团聚大较大的原料无法得到均匀干燥。

据官方资讯调研显示造成物料干燥与润湿不均匀的原因有可能是因为物料在低温环境中结块。若是物料结块现象过于严重，那么则也有可能会导致微波真空干燥机的干燥效果较差，这是用户需要加强微波真空干燥机使用技能培训。

据相关调查反馈表明某些用户若是未正确操作微波真空干燥机，那么也有可能会造成微波真空干燥机原料着火。这是因为待烘干原料未被正确吸走，从而导致微波燥干作业受阻，物料也因此被迫加热而出现异常着火现象。